食品产业是洁净室市场的重要组成部分，将来十年将有稳定的增长，其中亚洲增长大。新加工技术，消费者需求和治理要求将是保证发展的因素。中国正日益成为更大的食品加工出口商。在美国，这个市场正与改变饮食习惯一起迅速地成长。但是大的发展还是在不发达的亚洲国家。
几种趋势促使在各种食品加工中使用洁净室。人们对饮食的越关注，就越加重视普通食品质量和增加新鲜食品消费。同时，另一个巨大变化是尽量避免使用添加剂和防腐剂。
进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别轻易受环境微生物腐蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。
果汁
无菌产品已经占领了单包装（250毫升）果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。
奶制品
瑞士的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的香肠包装中经常用到无菌处理。
一些大型设施要求100，000级（iso8和9级）以上。在美国，jerome乳酪公司在爱达荷州杰罗姆建造了一个3，600万美元，面积140，000平方英尺的乳酪和乳清产品厂。该厂有4个主要加热和透风系统可输送高达每分钟130，000立方英尺的过滤效率为95的空气，每小时换气15到20次。车间采用正压，空气从加工区向外流。
公共和贸易厨房
在需要预备很多食品的地方利用洁净室技术是有好处的。在法国amiens，sulzer公司为中心厨房设计了洁净室，那里天天要给在校学生、老年人及城市雇员预备12，000顿饭。sulzer装备了iso5级（100级）洁净室，以及必要的加热和冷躲设施。
酿酒厂
酿酒厂发现，为了保护其生啤酒，在填充操纵中必须控制环境污染。采用洁净室进行封闭式填装作业，天花板上安装hepa过滤器，地板带孔已经成为发展趋势。
南美哥伦比亚污染控制公司是一家为食品、医药和产业区建造清洁环境的专业公司。该公司在设计中为啤酒、果汁和汽水无菌填装工艺增加了iso5级（100级）和iso6级（1，000级）洁净室。
传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。
在啤酒方面，可改进感官特性，例如香气味风格和新鲜度。还可进步多数产品的稳定性，延长储存期。而用于果汁，则避免了象管道巴式消毒法那样受到长时间高温处理，因而没有造成营养损失。结果，香味、口味及颜色等感官性能都得到改善。
肉类加工
美国联邦农业部一项研究表明，美国的即食肉制品差未几有5都感染了单核细胞增多性李氏菌（listeriamonocytogenes），一种可以使人致命的食品传染病菌，可导致败血症、脑膜炎或脑膜脑炎（meningo-encephalitis）一种影响大脑和脊髓组织的疾病。对于孕妇来说，李氏菌属可引起胚胎夭折和死产。即食肉制品市场的扩大是增加对洁净室技术需求的一个因素。瑞典是这一领域的先行者。
面包房
面包房现在正逐渐接受洁净室技术。日本有很多这种例子。受神户市的nadaward合作机构委托，chiyoda建筑公司设计了一座通用食品厂。这一工厂有3000m2的建筑面积，是神户市rokko岛上一个8层高的建筑，它使用了清洁技术。这个工厂生产几种面包、糖果、大豆豆腐、面条和几种传统的日本食品。
糖果产业采用了生物洁净室技术。新的、越来越复杂的、包装新奇的糖果产品增加了对受控环境的需求（温度、湿度、细菌的水平，等等），以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。
半导体产业和医药产业已经越来越多地使用隔离器以提供iso4级（10级）或者更好的局部环境。现在隔离器供给商，例如lacalhene，在报告中提到，食品产业也采用这项技术，有下列理由：
●卫生学隔离器提供无菌环境，保护产品使其免受来自环境和操纵者的污染，免受病原微生物和变异微生物的侵害。
●销售使用隔离器意味着不用借助于传统的防腐工艺就可以生产出自然的、无防腐剂的产品，因此，质地和产品的味道都不会受影响。
●节省本钱使用隔离器可降低超净装置的安装和运行本钱，延长产品储存期。普遍和频繁应用的是产品在无菌条件下配料、切片、填装和传送。隔离器可以用在消毒生产线、试验装置和r&d实验室里。直接受影响的领域是易腐的饮料、奶制品、冷肉和海鲜、半成品菜、面包房和糕饼，以及鲜品的包装。
食品产业的洁净室本钱随清洁要求而不同。几乎没有iso3级和4级（1和10级）装置。iso5级（100级）洁净室本钱是iso6级（1，000级）洁净室的两倍。本钱随清洁要求的降低而大大减少。只有一小部分食品洁净室利用了iso5级（100级）空间。真正经常使用iso5级标准的是在诸如填装生产线那样的小区域。因此，根据区域而进行的空间划分对更影响很大。
每个雇员使用的消耗品和一次性用品的年支出用度为790美元到7，500美元，多少取决于洁净级别。
即使iso5级（100级）的空间很小，用在每个雇员和每平方英尺上的消耗品大量支出表明，20以上的用度用于购买这些更干净的设备。
到2015年，预计印度的食品加工产业的规模将扩大三倍，其他亚洲国家也在扩大食品加工。与北美贸易协定（nafta）相比，今年亚洲和欧洲都将在食品加工洁净室方面花费更多。欧洲的增长率适中，但是很多食品加工厂已经装有洁净室。
食品加工固然是洁净室行业的一小部分，但却是稳定增长的一部分。由于食品工厂的总开支正以6的速度增长，洁净室开支的增长速度比资本支出更快，今后几年洁净室的开支将以每年8的速度增加。
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