日本发展有机农业的基本思想很早就已确立，但真正兴起则是在二十世纪六、七十年代。二战后，为增加粮食等农产品的产量，日本政府曾鼓励农民大量施用农药与化肥，这对促进农产品增产，加快农村城市化发展发挥了积极的作用。但伴随而来的是农村环境日益遭受污染，农产品残留物质严重超标，市民食物中毒事件时有发生。因此，从70年代起，政府相继出台了《农药取缔法》、《土壤污染防止法》等，各大城市、农村相继以一般民众活动的形式开始了有机农业运动。1971年日本成立了全国有机农业研究会，提出了“防止环境遭受破坏，维持培育土壤地力”的口号，广泛发动农民生产更多更好的健康美味的农产品。

按照日本有机农业研究会制定的产销合作原则，有机农产品的生产者与消费者之间形成“面对面相互信赖关系”。由于有机农业研究会的宗旨十分明确，这一运动得到了一部分城市市民的拥护，因此，蔬菜等有机农产品都采取“产销合作”的形式进行销售。1971到1985年，这一时期是日本有机农业发展的起步阶段。

1986年至1995年年的十年间，日本的有机农业进入了迅猛发展阶段。由于有机农产品安全、卫生、优质，且流通方式上采取了“产销合作”的方式，有机农业与有机食品越来越受人关注。由于市场需求量增加，日本的有机农业发展面积逐年扩大。以冈山县为例，1988年实行有机农业栽培的农户数为265户，10年后增加到1380户，增加52倍；栽培面积由24公顷增加到226公顷，增加94倍；生产量由310吨增加到2262吨，增加73倍；上市量由217吨增加到2016吨，增加93倍。由于有机农产品生产数量的增加，有机农产品流通渠道发生了显著变化，由早的以“产销合作”方式为特征的小规模直销，向大规模的专业配送组织或农协（生协）配送方向发展，一批连锁的有机农产品专卖店也应运而生。这一阶段政府开始对有机农产品实行监管。为推进有机农业的发展，日本政府应允道府县自行规划、管理有机农业的生产和销售，并可批准设立相关的有机农产品认证机构，实行有机认证制度。在1994年的“新政策”中，把有机农业作为环保型农业的一种形式，赋予其农业行政支柱地位，颁布“推进环保型农业的基本见解”。农林水产省对有机农业实行的主要政策有：

①《按照有机农产品及特别栽培农产品标志标准》及《有机农产品生产管理要领》的要求，对从事有机农业的农民进行必要的指导；

②对从事有机农业提供必要的农业专用资金无息贷款（七年内偿还）；

③对建设健全堆肥供给设施，有机农产品装运设施等进行补贴；

④提供各类有机农业在土壤改良、病虫害防治等方面的实用技术等。

与此同时，这一阶段，从国外输入日本的有机农产品也不断增加。由于国外有机农产品价格低廉，对日本国内有机生产者带来了了一定的负面影响。

1996年以来，日本有机农业发展一直处于无序徘徊阶段。随着人们生活水平的不断提高，对有机农产品需求量越来越大，不少商社、商贩和食品加工企业者觉得有利可图，纷纷加入到这一行列。有机农产品流通销售渠道也实现了多元化格局，大型批发市场、大卖场、食品加工企业等都在经营销售有机农产品。从前由生产者决定价格，转为由商贩决定价格，有机农产品市场竞争日趋激烈。另一方面，由于日本市场上既有完全不用农药、化肥的有机栽培农产品，又有各类特别栽培的农产品，一些地方出现了仿冒、假冒有机农产品，加上不少私人认证机构执行多样化认证标准，因而一段时间有机农产品在市民中的信誉不断下降，高层上的产品消费呈现出无序与徘徊的状态。由此，对生产者与消费者都造成了不良的负面影响。为了解决这些突出问题，进一步规范有机农产品市场，日本政府在加强市场调研究的基础上，加大了对有机农产品的监管力度。2000年制定了《日本有机食品生产标准》（简称jas法），2001年4月1日正式实施。jas法对农场、加工厂、包装以及进口商都提出了具体标准和要求，只有符合jas法的产品才允许使用jas标志，否则将处于高额的罚款，严重者还会判刑。同时，jas法明确规定，未经有机认证，不允许在产品包装物上标识“有机——”、“有机栽培——”“——有机”、“——有机栽培”等字样。

此外，日本政府还重新对有机认证机构进行了清理整顿，到2001年10月，日本已有政府认可的有机认证机构51家，700多家企业或个人获得有机认证。目前日本市场上的有机食品占整个食品总量的2，年销售额25亿美元，其中有60的有机食品是进口的。

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